NaN in wrfout*nc files - after first timestep

Any issues with the actual running of the WRF.

NaN in wrfout*nc files - after first timestep

Postby puneet336 » Tue Jul 31, 2018 6:24 am

Dear All,
The current simulation with wrf.exe (WRFV3.9.1.1 + WRFIO_NCD_LARGE_FILE_SUPPORT=1) is generating 12G nc files. Content of first nc file (say wrfout_d01_2018-07-24_00:00:00.nc) is good but subsequent files ( wrfout_d01_2018-07-24_01:00:00.nc, wrfout_*_02:00:00.nc) have too many NaNf .

I tried GNU as well as INTEL (v17) version of the binary, the NaNf behavior is same. Here is the namelist file -
Code: Select all
 &time_control
 run_hours                           = 75,
 start_year                          = 2018, 2000, 2000,
 start_month                         = 04,   01,   01,
 start_day                           = 27,   24,   24,
 start_hour                          = 00,   12,   12,
 start_minute                        = 00,   00,   00,
 start_second                        = 00,   00,   00,
 end_year                            = 2018, 2000, 2000,
 end_month                           = 04,   01,   01,
 end_day                             = 30,   25,   25,
 end_hour                            = 06,   12,   12,
 end_minute                          = 00,   00,   00,
 end_second                          = 00,   00,   00,
 interval_seconds                    = 21600
 input_from_file                     = .true.,.true.,.true.,
 history_interval                    = 60,  60,   60,
 history_outname        = "wrfout_d<domain>_<date>.nc"
 frames_per_outfile                  = 1, 1, 1,
 restart                             = .false.,
 restart_interval                    = 10800,
 io_form_history                     = 2
 io_form_restart                     = 2
 io_form_input                       = 2
 io_form_boundary                    = 2
 debug_level                         = 0
 /

 &domains
 time_step                           = 12,
 time_step_fract_num                 = 0,
 time_step_fract_den                 = 1,
 max_dom                             = 1,
 s_we           = 1, 1, 1,
 e_we           = 1951, 1321, 199,
 s_sn           = 1, 1, 1,
 e_sn           = 1851, 1321, 199
 s_vert                              = 1, 1, 1
 e_vert                              = 45,    30,    30,
 p_top_requested                     = 5000,
 num_metgrid_levels                  = 27,
 num_metgrid_soil_levels             = 4,
 dx                                  = 3000, 10000,  3333.33,
 dy                                  = 3000, 10000,  3333.33,
 grid_id                             = 1,     2,     3,
 parent_id                           = 0,     1,     2,
 i_parent_start                      = 1,     31,    30,
 j_parent_start                      = 1,     17,    30,
 parent_grid_ratio                   = 1,     3,     3,
 parent_time_step_ratio              = 1,     3,     3,
 p_top_requested        = 5000,
 eta_levels             = 1.000, 0.995, 0.988, 0.980, 0.970, 0.960, 0.945, 0.930, 0.910, 0.890, 0.870, 0.850, 0.820, 0.790, 0.760, 0.730, 0.690, 0.650, 0.610, 0.570, 0.530,0.490, 0.450, 0.410, 0.370, 0.340, 0.310, 0.280, 0.260, 0.240, 0.220, 0.200, 0.180, 0.160, 0.140, 0.120, 0.100, 0.082, 0.066, 0.052, 0.040, 0.030, 0.020, 0.010, 0.000,
 feedback                            = 1,
 smooth_option                       = 1
 /

 &physics
 mp_physics             = 4,     4,     8,
 ra_lw_physics          = 5,     4,     4,
 ra_sw_physics          = 5,     4,     4,
 radt                   = 9,     9,    10,
 sf_sfclay_physics      = 2,     2,     2,
 sf_surface_physics     = 2,     2,     2,
 bl_pbl_physics         = 2,     2,     2,
 bldt                   = 0,     0,     0,
 cu_physics             = 5,     5,     0,
 cudt                   = 5,     5,     5,
 isfflx                 = 1,
 ifsnow                 = 0,
 icloud                 = 1,
 surface_input_source   = 1,
 num_soil_layers        = 4,
 mp_zero_out            = 0,
 maxiens                = 1,
 maxens                 = 3,
 maxens2                = 3,
 maxens3                = 16,
 /

 &fdda
 /

 &dynamics
 w_damping                           = 1,
 diff_opt                            = 1,      1,      1,
 km_opt                              = 4,      4,      4,
 diff_6th_opt                        = 2,      0,      0,
 diff_6th_factor                     = 0.12,   0.12,   0.12,
 base_temp                           = 290.
 damp_opt                            = 3,
 zdamp                               = 5000.,  5000.,  5000.,
 dampcoef                            = 0.3,    0.3,    0.3
 khdif                               = 0,      0,      0,
 kvdif                               = 0,      0,      0,
 non_hydrostatic                     = .true., .true., .true.,
 moist_adv_opt                       = 1,      1,      1,
 scalar_adv_opt                      = 1,      1,      1,
 /

 &bdy_control
 spec_bdy_width                      = 5,
 spec_zone                           = 1,
 relax_zone                          = 4,
 specified                           = .true., .false.,.false.,
 nested                              = .false., .true., .true.,
 /

 &grib2
 /

 &namelist_quilt
 nio_tasks_per_group = 0,
 nio_groups = 1,
 /


The met*nc files also seem okay (checked with xconv/ncdump)
met_em.d01.2018-04-27_00:00:00.nc
met_em.d01.2018-04-27_06:00:00.nc


Earlier i was suspecting the netcdf library, but the first file was good . Now i am suspecting the input conditions.
What could be the potential reason behind this behavior (simulation messing up after first time-step)?.
Please let me know if i can provide more further information on this issue.
puneet336
 
Posts: 7
Joined: Thu Mar 22, 2018 2:02 am

Return to Runtime Problems

Who is online

Users browsing this forum: Google [Bot] and 5 guests

cron