Termination of WRF without error message

Any issues with the actual running of the WRF.

Termination of WRF without error message

Postby zzibton » Fri Sep 22, 2017 4:04 pm

Hi all,

I have found an issue while running the WRF (version 3.8.1), which occurs at random (it at least seems) and produces this outcome error:

===================================================================================
= BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
= EXIT CODE: 139
= CLEANING UP REMAINING PROCESSES
= YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES
===================================================================================
YOUR APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Segmentation fault (signal 11)
This typically refers to a problem with your application.
Please see the FAQ page for debugging suggestions

rsl.error.0000 :
Code: Select all
taskid: 0 hostname: eclipse.aos.wisc.edu
 module_io_quilt_old.F        2931 F
Quilting with   1 groups of   0 I/O tasks.
 Ntasks in X            2 , ntasks in Y            2
--- WARNING: traj_opt is zero, but num_traj is not zero; setting num_traj to zero.
--- NOTE: sst_update is 0, setting io_form_auxinput4 = 0 and auxinput4_interval = 0 for all domains
--- NOTE: grid_fdda is 0 for domain      1, setting gfdda interval and ending time to 0 for that domain.
--- NOTE: both grid_sfdda and pxlsm_soil_nudge are 0 for domain      1, setting sgfdda interval and ending time to 0 for that domain.
--- NOTE: obs_nudge_opt is 0 for domain      1, setting obs nudging interval and ending time to 0 for that domain.
--- NOTE: bl_pbl_physics /= 4, implies mfshconv must be 0, resetting
Need MYNN PBL for icloud_bl = 1, resetting to 0
--- NOTE: RRTMG radiation is not used, setting:  o3input=0 to avoid data pre-processing
--- NOTE: num_soil_layers has been set to      4
WRF V3.8.1 MODEL
 *************************************
 Parent domain
 ids,ide,jds,jde            1         315           1         216
 ims,ime,jms,jme           -4         164          -4         115
 ips,ipe,jps,jpe            1         157           1         108
 *************************************
DYNAMICS OPTION: Eulerian Mass Coordinate
   alloc_space_field: domain            1 ,             344841948  bytes allocated
  med_initialdata_input: calling input_input
Timing for processing wrfinput file (stream 0) for domain        1:    2.60381 elapsed seconds
Max map factor in domain 1 =  1.21. Scale the dt in the model accordingly.
INPUT LandUse = "MODIFIED_IGBP_MODIS_NOAH"
 LANDUSE TYPE = "MODIFIED_IGBP_MODIS_NOAH" FOUND          33  CATEGORIES           2  SEASONS WATER CATEGORY =           17  SNOW CATEGORY =           15
INITIALIZE THREE Noah LSM RELATED TABLES
Skipping over LUTYPE = USGS
 LANDUSE TYPE = MODIFIED_IGBP_MODIS_NOAH FOUND          20  CATEGORIES
 INPUT SOIL TEXTURE CLASSIFICATION = STAS
 SOIL TEXTURE CLASSIFICATION = STAS FOUND          19  CATEGORIES
Timing for Writing wrfout_d01_2017-09-22_12:00:00 for domain        1:    4.09421 elapsed seconds
Timing for processing lateral boundary for domain        1:    0.23636 elapsed seconds
 Tile Strategy is not specified. Assuming 1D-Y
WRF TILE   1 IS      1 IE    157 JS      1 JE    108
WRF NUMBER OF TILES =   1
Timing for main: time 2017-09-22_12:02:00 on domain   1:   17.35761 elapsed seconds



Looking at the rsl files, there is no clear reason why the process was terminated.

Additionally, here is the namelist.input file.
namelist.input
Code: Select all
 &time_control
 run_days                            = 0,
 run_hours                           = 36,
 run_minutes                         = 0,
 run_seconds                         = 0,
 start_year                          = 2017, 2017, 2000,
 start_month                         = 09,   09,   01,
 start_day                           = 22,   22,   24,
 start_hour                          = 12,   12,   12,
 start_minute                        = 00,   00,   00,
 start_second                        = 00,   00,   00,
 end_year                            = 2017, 2017, 2000,
 end_month                           = 09,   09,   01,
 end_day                             = 24,   24,   25,
 end_hour                            = 00,   00,   12,
 end_minute                          = 00,   00,   00,
 end_second                          = 00,   00,   00,
 interval_seconds                    = 10800
 input_from_file                     = .true.,.true.,.true.,
 history_interval                    = 180,  180,   60,
 frames_per_outfile                  = 1000, 1000, 1000,
 restart                             = .false.,
 restart_interval                    = 5000,
 io_form_history                     = 2
 io_form_restart                     = 2
 io_form_input                       = 2
 io_form_boundary                    = 2
 debug_level                         = 0
 /

 &domains
 time_step                           = 120,
 time_step_fract_num                 = 0,
 time_step_fract_den                 = 1,
 max_dom                             = 1,
 e_we                                = 315,    94,   94,
 e_sn                                = 216,    94,    91,
 e_vert                              = 30,    30,    30,
 p_top_requested                     = 5000,
 num_metgrid_levels                  = 32,
 num_metgrid_soil_levels             = 4,
 dx                                  = 30000, 10000,  3333.33,
 dy                                  = 30000, 10000,  3333.33,
 grid_id                             = 1,     2,     3,
 parent_id                           = 0,     1,     2,
 i_parent_start                      = 1,   111,    30,
 j_parent_start                      = 1,    75,    30,
 parent_grid_ratio                   = 1,     3,     3,
 parent_time_step_ratio              = 1,     3,     3,
 feedback                            = 1,
 smooth_option                       = 0
 /

 &physics
 mp_physics                          = 3,     3,     3,
 ra_lw_physics                       = 1,     1,     1,
 ra_sw_physics                       = 1,     1,     1,
 radt                                = 15,    30,    30,
 sf_sfclay_physics                   = 1,     1,     1,
 sf_surface_physics                  = 2,     2,     2,
 bl_pbl_physics                      = 1,     1,     1,
 bldt                                = 0,     0,     0,
 cu_physics                          = 1,   1,     0,
 cudt                                = 0,     5,     5,
 isfflx                              = 1,
 ifsnow                              = 1,
 icloud                              = 1,
 surface_input_source                = 3,
 num_soil_layers                     = 4,
 num_land_cat                        = 21,
 sf_urban_physics                    = 0,     0,     0,
 /

 &fdda
 /

 &dynamics
 w_damping                           = 1,
 diff_opt                            = 1,      1,      1,
 km_opt                              = 4,      4,      4,
 diff_6th_opt                        = 0,      0,      0,
 diff_6th_factor                     = 0.12,   0.12,   0.12,
 base_temp                           = 290.
 damp_opt                            = 3,
 zdamp                               = 5000.,  5000.,  5000.,
 dampcoef                            = 0.2,    0.2,    0.2
 khdif                               = 0,      0,      0,
 kvdif                               = 0,      0,      0,
 non_hydrostatic                     = .true., .true., .true.,
 moist_adv_opt                       = 1,      1,      1,     
 scalar_adv_opt                      = 1,      1,      1,     
 /

 &bdy_control
 spec_bdy_width                      = 5,
 spec_zone                           = 1,
 relax_zone                          = 4,
 specified                           = .true., .false.,.false.,
 nested                              = .false., .true., .true.,
 /

 &grib2
 /

 &namelist_quilt
 nio_tasks_per_group = 0,
 nio_groups = 1,
 /


In attempts to resolve this issue I have tried deceasing the time step, starting at 3 minutes and went down to 10 seconds. I've tried running the same input on different machines, with the same error. Additionally, I have made changes to the reference lat/lon, shifting the domain as little at 5 degrees and then the WRF will run to the end without issues.

Any suggestions as to how to resolve this issue would be greatly appreciated.

Thanks
zzibton
 
Posts: 1
Joined: Fri Sep 22, 2017 3:22 pm

Re: Termination of WRF without error message

Postby abusk » Fri Dec 29, 2017 8:11 am

Dear Zzibton,

I've the same problem. Could you already solve your problem?

Kind regards,
abusk
 
Posts: 4
Joined: Thu Dec 28, 2017 3:33 pm


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