Segmentation Fault when running wrf.exe [WRF 4.0.3]

Having problems running the WRF Preprocessing Sysmte (WPS)?

Segmentation Fault when running wrf.exe [WRF 4.0.3]

Postby johnphua » Mon Jan 28, 2019 1:18 pm

I have tried running WRF for a small region of the world on MERRA2 with GLDAS, as well as with Copernicus ERA5 pressure level and single level data. On both datasets, I can successfully run WPS and real.exe, but get a Segmentation Fault when running wrf.exe with similar error messages:
Code: Select all
Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.

Backtrace for this error:
#0  0x7F880B24BE08
#1  0x7F880B24AF90
#2  0x7F880A97C4AF
#3  0x195BE9C in taugb3.7070 at module_ra_rrtmg_lw.f90:?
#4  0x197D31D in __rrtmg_lw_taumol_MOD_taumol
#5  0x19A1331 in __rrtmg_lw_rad_MOD_rrtmg_lw
#6  0x19B25D5 in __module_ra_rrtmg_lw_MOD_rrtmg_lwrad
#7  0x15143DD in __module_radiation_driver_MOD_radiation_driver
#8  0x15D35A4 in __module_first_rk_step_part1_MOD_first_rk_step_part1
#9  0x11336F4 in solve_em_
#10  0x102AA22 in solve_interface_
#11  0x46E872 in __module_integrate_MOD_integrate
#12  0x407863 in __module_wrf_top_MOD_wrf_run

How do I solve this problem? Any steps that I missed out? What do I need to look out for?
Really appreciate any help on this.

I am running on WPS 4.0.3 and WRF 4.0.2,
Data used for MERRA and GLDAS:
MERRA2
const_2d_asm_Nx
inst6_3d_ana_Np
inst6_3d_ana_Nv
tavg1_2d_ocn_Nx
tavg1_2d_slv_Nx
GLDAS
noah025_3h_v2.1

namelist.wps (WPS_GEOG from “WRF Preprocessing System (WPS) Geographical Input Data Mandatory Fields Downloads” at http://www2.mmm.ucar.edu/wrf/users/down ... l#optional)
MERRA2 data prepared for metgrid with MERRA2WRF
Code: Select all
&share
 wrf_core = 'ARW',
 max_dom = 1,
 start_date = '2017-01-01_00:00:00',
 end_date   = '2017-12-31_18:00:00',
 interval_seconds = 21600,
 io_form_geogrid = 2,
/

&geogrid
 parent_id         =   1,
 parent_grid_ratio =   1,
 i_parent_start    =   1,
 j_parent_start    =   1,
 e_we              =   600,
 e_sn              =   200,
 geog_data_res = 'default',
 map_proj = 'lat-lon',
 ref_lat = -0.79,
 ref_lon = 113.92,
 dx = 0.1,
 dy = 0.1,
 stand_lon = 0,
 geog_data_path = '<dir_to_wps>/WPS_GEOG/',
/

&ungrib
 out_format = 'WPS',
 prefix = 'FILE',
/

&metgrid
 fg_name = 'MERRA', 'SOILTEMP1', 'SOILTEMP2', 'SOILTEMP3', 'SOILTEMP4', 'SOILMOIST1', 'SOILMOIST2', 'SOILMOIST3', 'SOILMOIST4',
 io_form_metgrid = 2,
 opt_output_from_metgrid_path = '/mnt/hdd/metgrid_output_merra'
/


namelist.input
Code: Select all
 &time_control
 run_days                            = 365,
 run_hours                           = 0,
 run_minutes                         = 0,
 run_seconds                         = 0,
 start_year                          = 2017,
 start_month                         = 01,
 start_day                           = 01,
 start_hour                          = 00,
 end_year                            = 2017,
 end_month                           = 12,
 end_day                             = 31,
 end_hour                            = 23,
 interval_seconds                    = 21600
 input_from_file                     = .true.,.true.,.true.,
 history_interval                    = 180,  60,   60,
 frames_per_outfile                  = 1000, 1000, 1000,
 restart                             = .false.,
 restart_interval                    = 7200,
 io_form_history                     = 2
 io_form_restart                     = 2
 io_form_input                       = 2
 io_form_boundary                    = 2
 /

 &domains
 time_step                           = 10,
 time_step_fract_num                 = 0,
 time_step_fract_den                 = 1,
 max_dom                             = 1,
 e_we                                = 600,
 e_sn                                = 200,
 e_vert                              = 73,    33,    33,
 p_top_requested                     = 5000,
 num_metgrid_levels                  = 73,
 num_metgrid_soil_levels             = 4,
 dx                                  = 11117.7,
 dy                                  = 11117.7,
 grid_id                             = 1,
 parent_id                           = 0,
 i_parent_start                      = 1,
 j_parent_start                      = 1,
 parent_grid_ratio                   = 1,
 parent_time_step_ratio              = 1,
 feedback                            = 1,
 smooth_option                       = 0
 /

 &physics
 physics_suite                       = 'CONUS'
 mp_physics                          = -1,    -1,    -1,
 cu_physics                          = -1,    -1,     0,
 ra_lw_physics                       = -1,    -1,    -1,
 ra_sw_physics                       = -1,    -1,    -1,
 bl_pbl_physics                      = -1,    -1,    -1,
 sf_sfclay_physics                   = -1,    -1,    -1,
 sf_surface_physics                  = 0,    -1,    -1,
 radt                                = 15,    30,    30,
 bldt                                = 0,     0,     0,
 cudt                                = 5,     5,     5,
 icloud                              = 1,
 num_land_cat                        = 21,
 sf_urban_physics                    = 0,     0,     0,
 surface_input_source                   = 1
 /

 &fdda
 /

 &dynamics
 hybrid_opt                          = 2,
 w_damping                           = 0,
 diff_opt                            = 1,      1,      1,
 km_opt                              = 4,      4,      4,
 diff_6th_opt                        = 0,      0,      0,
 diff_6th_factor                     = 0.12,   0.12,   0.12,
 base_temp                           = 290.
 damp_opt                            = 3,
 zdamp                               = 5000.,  5000.,  5000.,
 dampcoef                            = 0.2,    0.2,    0.2
 khdif                               = 0,      0,      0,
 kvdif                               = 0,      0,      0,
 non_hydrostatic                     = .true., .true., .true.,
 moist_adv_opt                       = 1,      1,      1,     
 scalar_adv_opt                      = 1,      1,      1,     
 gwd_opt                             = 1,
 /

 &bdy_control
 spec_bdy_width                      = 5,
 specified                           = .true.
 /

 &grib2
 /

 &namelist_quilt
 nio_tasks_per_group = 0,
 nio_groups = 0,
 /



Data used for ERA5:
pl
129: Geopotential
130: Temperature
131: U component of wind
132: V component of wind
157: Relative humidity

sfc
165: 10 metre U wind component
166: 10 metre V wind component
167: 2 metre temperature
168: 2 metre dewpoint temperature
172: Land-sea mask
134: Surface Pressure
151: Mean sea level pressure
235: Skin temperature
33: Snow density
141: Snow depth
139: Soil temperature level 1
170: Soil temperature level 2
183: Soil temperature level 3
236: Soil temperature level 4
39: Volumetric soil water layer 1
40: Volumetric soil water layer 2
41: Volumetric soil water layer 3
42: Volumetric soil water layer 4
(SST and ice frac)
31: Sea ice area fraction
34: Sea surface temperature
namelist.wps (WPS_GEOG from “WRF Preprocessing System (WPS) Geographical Input Data Mandatory Fields Downloads” at http://www2.mmm.ucar.edu/wrf/users/down ... l#optional)
ERA5 data prepared for metgrid with ungrib using Vtable.ERA-interim.pl
Code: Select all
&share
 wrf_core = 'ARW',
 max_dom = 1,
 start_date = '2017-01-01_00:00:00',
 end_date   = '2017-01-01_23:00:00',
 interval_seconds = 3600,
 io_form_geogrid = 2,
/

&geogrid
 parent_id         =   1,
 parent_grid_ratio =   1,
 i_parent_start    =   1,
 j_parent_start    =   1,
 e_we              =   600,
 e_sn              =   200,
 geog_data_res = 'default',
 map_proj = 'lat-lon',
 ref_lat = -0.79,
 ref_lon = 113.92,
 dx = 0.1,
 dy = 0.1,
 stand_lon = 0,
 geog_data_path = '<dir_to_files>/WPS_GEOG/',
/

&ungrib
 out_format = 'WPS',
 prefix = 'ERA5',
/

&metgrid
 fg_name = 'ERA5'
 io_form_metgrid = 2,
 opt_output_from_metgrid_path = '/mnt/hdd/metgrid_output_era'
/

namelist.input
Code: Select all
  &time_control
 run_days                            = 1,
 run_hours                           = 0,
 run_minutes                         = 0,
 run_seconds                         = 0,
 start_year                          = 2017,
 start_month                         = 01,
 start_day                           = 01,
 start_hour                          = 00,
 end_year                            = 2017,
 end_month                           = 01,
 end_day                             = 01,
 end_hour                            = 23,
 interval_seconds                    = 3600
 input_from_file                     = .true.,.true.,.true.,
 history_interval                    = 180,  60,   60,
 frames_per_outfile                  = 1000, 1000, 1000,
 restart                             = .false.,
 restart_interval                    = 7200,
 io_form_history                     = 2
 io_form_restart                     = 2
 io_form_input                       = 2
 io_form_boundary                    = 2
 /

 &domains
 time_step                           = 50,
 time_step_fract_num                 = 0,
 time_step_fract_den                 = 1,
 max_dom                             = 1,
 e_we                                = 600,
 e_sn                                = 200,
 e_vert                              = 38,    33,    33,
 p_top_requested                     = 5000,
 num_metgrid_levels                  = 38,
 num_metgrid_soil_levels             = 4,
 dx                                  = 11117.7,
 dy                                  = 11117.7,
 grid_id                             = 1,
 parent_id                           = 0,
 i_parent_start                      = 1,
 j_parent_start                      = 1,
 parent_grid_ratio                   = 1,
 parent_time_step_ratio              = 1,
 feedback                            = 1,
 smooth_option                       = 0
 /

 &physics
 physics_suite                       = 'CONUS'
 mp_physics                          = -1,    -1,    -1,
 cu_physics                          = -1,    -1,     0,
 ra_lw_physics                       = -1,    -1,    -1,
 ra_sw_physics                       = -1,    -1,    -1,
 bl_pbl_physics                      = -1,    -1,    -1,
 sf_sfclay_physics                   = -1,    -1,    -1,
 sf_surface_physics                  = 0,    -1,    -1,
 radt                                = 15,    30,    30,
 bldt                                = 0,     0,     0,
 cudt                                = 5,     5,     5,
 icloud                              = 1,
 num_land_cat                        = 21,
 sf_urban_physics                    = 0,     0,     0,
 surface_input_source                = 1,
 use_mp_re                           = 0
 /

 &fdda
 /

 &dynamics
 hybrid_opt                          = 2,
 w_damping                           = 0,
 diff_opt                            = 1,      1,      1,
 km_opt                              = 4,      4,      4,
 diff_6th_opt                        = 0,      0,      0,
 diff_6th_factor                     = 0.12,   0.12,   0.12,
 base_temp                           = 290.
 damp_opt                            = 3,
 zdamp                               = 5000.,  5000.,  5000.,
 dampcoef                            = 0.2,    0.2,    0.2
 khdif                               = 0,      0,      0,
 kvdif                               = 0,      0,      0,
 non_hydrostatic                     = .true., .true., .true.,
 moist_adv_opt                       = 1,      1,      1,     
 scalar_adv_opt                      = 1,      1,      1,     
 gwd_opt                             = 1,
 /

 &bdy_control
 spec_bdy_width                      = 5,
 specified                           = .true.
 /

 &grib2
 /

 &namelist_quilt
 nio_tasks_per_group = 0,
 nio_groups = 0,
 /
johnphua
 
Posts: 2
Joined: Wed Jan 23, 2019 9:06 pm

Re: Segmentation Fault when running wrf.exe [WRF 4.0.3]

Postby kwthomas » Mon Jan 28, 2019 5:15 pm

Hi...

Normally a seg fault means a stability problem, however, your "namelist.input" has a really small timestep
which seems okay.

My best guess is there is a problem with your data.

I'd post your problem on the forum supported by the WRF code developers

http://forum.mmm.ucar.edu/phpBB3

Some of the experts over there may be able to help figure out your problem.
Kevin W. Thomas
Center for Analysis and Prediction of Storms
University of Oklahoma
kwthomas
 
Posts: 279
Joined: Thu Aug 07, 2008 6:53 pm

Re: Segmentation Fault when running wrf.exe [WRF 4.0.3]

Postby johnphua » Mon Jan 28, 2019 7:04 pm

Thank you for directing me to the other forum, I have made a post there.

Link to post for reference: http://forum.mmm.ucar.edu/phpBB3/viewto ... f=40&t=623
johnphua
 
Posts: 2
Joined: Wed Jan 23, 2019 9:06 pm

Re: Segmentation Fault when running wrf.exe [WRF 4.0.3]

Postby govind_jha65 » Thu Apr 25, 2019 11:58 am

Hello Sir,

Greetings,
I am also getting the same problem while running wrf.exe.I have successfully.install wrf and run upto real.exe But i got the following problem
darshana@acl:~/Build_WRF/govind/work$ ./wrf.exe
starting wrf task 0 of 1
Segmentation fault (core dumped)

tail rsl.error.0000
#6 0x558a7840072f
#7 0x558a77d92a45
#8 0x558a778ff469
#9 0x558a777fc550
#10 0x558a76c22c28
#11 0x558a76bbbb19
#12 0x558a76bbb46e
#13 0x7fb4c619eb96
#14 0x558a76bbb4a9
#15 0xffffffffffffffff

Here is my namelist files:

&time_control
run_days = 0,
run_hours = 24,
run_minutes = 0,
run_seconds = 0,
start_year = 2019,
start_month = 3,
start_day = 31,
start_hour = 0,
start_minute = 00,
start_second = 00,
end_year = 2019,
end_month = 4,
end_day = 1,
end_hour = 0,
end_minute = 00,
end_second = 00,
interval_seconds = 21600,
input_from_file = .true.,
history_interval = 60,
frames_per_outfile = 1,
restart = .false.,
restart_interval = 5000,
io_form_history = 2,
io_form_restart = 2,
io_form_input = 2,
io_form_boundary = 2,
debug_level = 0,
/

&domains
time_step = 12,
time_step_fract_num = 0,
&domains
time_step = 12,
time_step_fract_num = 0,
time_step_fract_den = 1,
max_dom = 1,
e_we = 283,
e_sn = 184,
e_vert = 35,
p_top_requested = 5000,
num_metgrid_levels = 32,
num_metgrid_soil_levels = 4,
dx = 2000,
dy = 2000,
grid_id = 1,
parent_id = 1,
i_parent_start = 1,
j_parent_start = 1,
parent_grid_ratio = 1,
parent_time_step_ratio = 1,
feedback = 1,
&physics
mp_physics = 6,
ra_lw_physics = 1,
ra_sw_physics = 1,
radt = 30,
sf_sfclay_physics = 1,
sf_surface_physics = 2,
bl_pbl_physics = 1,
bldt = 0,
cu_physics = 0,
cudt = 5,
isfflx = 1,
ifsnow = 0,
icloud = 1,
surface_input_source = 1,
num_soil_layers = 4,
sf_urban_physics = 0,
maxiens = 1,
maxens = 3,
maxens2 = 3,
maxens3 = 16,
ensdim = 144,
/

&fdda
/

&dynamics
w_damping = 0,
diff_opt = 1,
km_opt = 4,
diff_6th_opt = 0,
diff_6th_factor = 0.12,
base_temp = 290.,
damp_opt = 0,
zdamp = 5000.,
dampcoef = 0.2,
khdif = 0,
kvdif = 0,
non_hydrostatic = .true.,
moist_adv_opt = 1,
scalar_adv_opt = 1,
/

&bdy_control
spec_bdy_width = 5,
spec_zone = 1,
relax_zone = 4,
nested = .false.,
/

&grib2
/

&namelist_quilt
nio_tasks_per_group = 0,
nio_groups = 1,
/
govind_jha65
 
Posts: 3
Joined: Mon Jan 29, 2018 11:56 pm


Return to Runtime Problems

Who is online

Users browsing this forum: No registered users and 2 guests

cron